商标纠纷行政案件管辖规定是《关于北京、上海、广州知识产权案件管辖的规定》。
第一条知识产权管辖所在市辖区内的下列第一审案件：
(一)专利、植物新品种、集成电路布图设计、技术秘密、计算机软件民事和行政案件；
(二)对部门或者县级以上地方所作的涉及著作权、商标、不正当竞争等行政行为提起诉讼的行政案件；
(三)涉及驰名商标认定的民事案件。
第二条广州知识产权对广东省内本规定第一条第(一)项和第(三)项规定的案件实行跨区域管辖。
第三条北京市、上海市各中级人民和广州市中级人民不再受理知识产权民事和行政案件。
广东省其他中级人民不再受理本规定第一条第(一)项和第(三)项规定的案件。
北京市、上海市、广东省各基层人民不再受理本规定第一条第(一)项和第(三)项规定的案件。
第五条下列第一审行政案件由北京知识产权管辖：
(一)不服部门作出的有关专利、商标、植物新品种、集成电路布图设计等知识产权的授权确权裁定或者决定的；
(二)不服部门作出的有关专利、植物新品种、集成电路布图设计的强制许可决定以及强制许可使用费或者报酬的裁决的；
(三)不服部门作出的涉及知识产权授权确权的其他行政行为的。
一、商标行政诉讼的管辖确定标准是哪个
《行政诉讼法》第十规定：“行政案件由最初作出具体行政行为的行政机关所在地人民管辖。经复议的案件，复议机关改变原具体行政行为的，也可以由复议机关所在地人民管辖。”这一规定表明，一般情况下行政案件是由被告所在地的人民管辖。同时，行政诉讼法第二十五条规定，两个以上行政机关作出同一具体行政行为的，共同用出具体行政行为的行政机关是共同被告。
对此，《行政诉讼法》第二十条规定：“两个以上人民都有管辖权的案件，原告可以选择其中一个人民提起诉讼的，由最先收到起诉的人民管辖。”
商案件进行调查，执行县级工商行政管理机关的处理决定，被处罚人不服提起行政诉讼的，派出工商所的县级工商行政管理机关为被告。
